质谱仪种类十分多，工作原理和应用于范围也有相当大的有所不同。从应用于角度，质谱仪可以分成下面几类： 有机质谱仪： 由于应用于特点有所不同又分成： ①气相色谱-质谱磁共振仪（GC-MS）。在这类仪器中，由于质谱仪工作原理有所不同，又有气相色谱-四极质谱仪，气相色谱-飞行中时间质谱仪，气相色谱-离子阱质谱仪等。 ②液相色谱-质谱磁共振仪（LC-MS）。
某种程度，有液相色谱-四极质谱仪，液相色谱-离子阱质谱仪，液相色谱-飞行中时间质谱仪，以及各种各样的液相色谱-质谱-质谱磁共振仪。 ③其他有机质谱仪，主要有： 基质辅助激光解吸飞行中时间质谱仪（MALDI-TOFMS）； 富立叶转换质谱仪（FT-MS）。 无机质谱仪还包括： ①火花源双探讨质谱仪。
②感应器耦合等离子体质谱仪（ICP-MS）。 ③二次离子质谱仪（SIMS）。 同位素质谱仪。
气体分析质谱仪：主要有呼气质谱仪，氦质谱检漏仪等。 以上的分类并不十分缜密，因为有些仪器具有有所不同附件，具备有所不同功能。
例如，一台气相色谱-双探讨质谱仪，如果转用慢原子炮击电离源，就仍然是气相色谱-质谱磁共振仪，而称作慢原子炮击质谱仪（FABMS）。另外，有的质谱仪既可以和气相色谱连接，又可以和液相色谱连接，因此也很差归入某一类。在以上各类质谱仪中，数量最多，用途最广的是有机质谱仪。 除上述分类外，还可以从质谱仪所用的质量分析器的有所不同，把质谱仪分成双探讨质谱仪，四极杆质谱仪，飞行中时间质谱仪，离子阱质谱仪，傅立叶转换质谱仪等。
质谱技术的应用于 近年来质谱技术发展迅速。随着质谱技术的发展，质谱技术的应用领域也更加甚广。由于质谱分析具备灵敏度低，样品用量较少，分析速度快，分离出来和检验同时展开等优点，因此，质谱技术普遍的应用于化学，化工，环境，能源，医药，运动医学，刑侦科学，生命科学，材料科学等各个领域。 质谱仪种类多样，有所不同仪器应用于特点也有所不同，一般来说，在300C左右能汽化的样品，可以优先考虑到用GC-MS展开分析，因为GC-MS用于EI源，获得的质谱信息多，可以展开库检索。
毛细管柱的分离出来效果也好。如果在300C左右无法汽化，则必须用LC-MS分析，此时主要得分子量信息，如果是串联质谱，还可以得一些结构信息。如果是生物大分子，主要利用LC-MS和MALDI-TOF分析，主要得分子量信息。
对于蛋白质样品，还可以测量氨基酸序列。质谱仪的分辨率是一项最重要技术指标，高分辨质谱仪可以获取化合物构成式，这对于结构测量是十分最重要的。双探讨质谱仪，傅立叶转换质谱仪，带上反射器的飞行中时间质谱仪等都具备高分辨功能。
质谱分析法对样品有一定的拒绝。展开GC-MS分析的样品不应是有机溶液，水溶液中的有机物一般无法测量，需展开提取分离出来变成有机溶液，或使用顶空进样技术。有些化合物极性过于强劲，在冷却过程中易分解成，例如有机酸类化合物，此时可以展开酯化处置，将酸变成酯再行展开GC-MS分析，由分析结果可以推断酸的结构。如果样品无法汽化也无法酯化，那就不能展开LC-MS分析了。
展开LC-MS分析的样品最差是水溶液或甲醇溶液，LC流动看中不应含不溶解盐。对于极性样品，一般使用ESI源，对于非极性样品，使用APCI源。
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